En Shopify-butik kan have mange ordrer på en dag og få én samlet udbetaling i banken nogle dage senere. Det er her, de fleste problemer starter. Banken viser ét beløb, Shopify viser en lang række ordrer, og ingen af dem er lig med omsætningen.
Den her artikel handler om, hvordan ordrerne, udbetalingerne og gebyrerne kommer ind i e-conomic, så omsætningen og momsen passer. Den er skrevet til ejere af webshops, der enten bogfører selv i dag eller vil forstå, hvad en bogholder til webshop laver.
Tre strømme, der skal holdes adskilt
Når en kunde betaler i Shopify, sker der tre ting, som skal bogføres hver for sig:
- Salget. Ordren er omsætning med moms. Den skal bogføres med det beløb, kunden har betalt, inklusive fragt og fratrukket rabatter.
- Gebyret. Betalingsløsningen tager sin andel. Det er en omkostning og ikke et fradrag i omsætningen.
- Udbetalingen. Pengene lander i banken, ofte samlet for flere dage og fratrukket gebyrer og returneringer.
Bogfører man kun bankposten, bliver omsætningen for lav, gebyrerne forsvinder, og momsen bliver regnet af det forkerte grundlag.

Mellemregningskontoen er nøglen til afstemningen
Vi bruger en mellemregningskonto pr. betalingsløsning i e-conomic, fx «Shopify Payments» og «MobilePay». Salget bogføres mod mellemregningskontoen, gebyrerne trækkes fra den, og når udbetalingen kommer, flyttes beløbet fra mellemregningskontoen til banken.
Står mellemregningskontoen på nul (eller på det beløb, der endnu ikke er udbetalt), passer det hele. Står der et beløb, ingen kan forklare, mangler der en ordre, en returnering eller en udbetaling.
Pr. ordre eller som dagsopsamling?
Der er to måder at få salget ind på:
- Pr. ordre. Hver ordre bliver til en faktura eller en postering i e-conomic via en integration. Det giver fuld sporbarhed, men mange posteringer.
- Dagsopsamling. Dagens salg samles i én postering pr. momssats og betalingsmiddel. Det er overskueligt og helt lovligt, så længe ordregrundlaget kan findes i Shopify.
For de fleste butikker med mange små ordrer er dagsopsamling det mest praktiske. Har I B2B-kunder på kredit, skal de ordrer som regel ind som rigtige fakturaer, så debitoropfølgningen virker.
Moms på webshopsalg
Dansk moms beregnes af det, kunden betaler. Fragt, I tager betaling for, er en del af salget og momspligtigt på samme måde som varen, også når den står som en særskilt linje på ordren. En rabatkode, kunden bruger ved købet, er en rabat givet ved leveringen, så den sænker momsgrundlaget. Det følger af momslovens § 27.
Sælger I til private i andre EU-lande, skal I have styr på, om I er over EU’s fælles grænse for fjernsalg. Er I det, skal momsen betales i kundens land, typisk via One Stop Shop. Det er et emne for sig, og vi har skrevet om det i OSS-moms for webshops.
Gebyrer og Shopifys egne fakturaer
Danske butikker har kontrakt med Shopify International Limited, der er registreret i Irland. Derfra kommer fakturaerne for abonnement og apps. Shopify beder butikker i Europa om et momsnummer og tjekker det i EU’s VIES-system. Nummeret skal være gyldigt til handel over grænsen, og i Shopify-admin under Settings og Billing kan I se, om det står som «verified». Når I køber en ydelse fra en virksomhed i et andet EU-land, er det jer, der beregner dansk moms af købet. Det hedder omvendt betalingspligt og står i momslovens § 46.
I e-conomic kræver det to konti, som Skattestyrelsen også beskriver: en til køb af ydelser fra andre EU-lande og en til moms af ydelseskøb i udlandet. På momsangivelsen kommer beløbet uden moms i rubrikken «Rubrik A, ydelser». Har virksomheden fuld fradragsret, trækkes momsen fra igen som købsmoms, så det går lige op. Tjek, at der står «Reverse Charge» og begge momsnumre på fakturaen. Står der moms på, så bed om en ny faktura.
Gebyrerne fra Shopify Payments følger samme spor. Ifølge Shopify faktureres de i EU uden for Irland med 0 % og omvendt betalingspligt, så I selv skal holde styr på momsen. Gebyrer fra andre betalingsløsninger, fx MobilePay, kommer fra en anden udbyder, så tjek den faktura for sig, før gebyrerne bogføres på en fast momskode.
Returneringer og chargebacks
En returnering trækkes ofte i en senere udbetaling end den, ordren var med i. Derfor skal den bogføres som en kreditering af salget (med moms) på den dag, den sker, og ikke bare som et mindre beløb i banken.
Chargebacks er værre, fordi de ofte kommer med et ekstra gebyr. Dem bogfører vi for sig, så man kan se, hvor mange der er, og om det er et mønster.
Tjekliste til månedsafstemningen
- Shopifys salgsrapport for måneden er lig med omsætningen i e-conomic (pr. momssats)
- Hver udbetaling i banken kan findes i Shopifys udbetalingsoversigt
- Mellemregningskontoen står på det beløb, der endnu ikke er udbetalt
- Gebyrer er bogført på deres egen konto
- Returneringer og chargebacks er bogført som kreditering, ikke som et fradrag i banken
- Shopifys egne fakturaer er bogført med omvendt betalingspligt, hvor det gælder
Hvad vi ser hos webshops
«Den fejl, vi oftest finder først hos en ny webshopkunde, er en forkert momsopsætning, især på OSS.»
Frederik Kromann, ejer og ekstern CFO, Sandgrav Solutions A/S
Når vi overtager bogholderiet for en webshop, gennemgår vi derfor momsopsætningen, også OSS, og retter den, hvor den er forkert.
Sådan arbejder vi
Vi arbejder kun i e-conomic og kobler Shopify, betalingsløsninger og banken på, så salget kommer ind automatisk. Vi bruger AI til at matche udbetalinger og bilag, og en af os godkender, før det bogføres. Læs mere om, hvordan vi er bogholder til webshop, eller se vores side om handelsvirksomheder.
Spørgsmål og svar
Skal hver Shopify-ordre være en faktura i e-conomic?
Nej. En daglig opsamling pr. momssats er nok for salg til private, så længe ordregrundlaget kan findes i Shopify.
Hvorfor passer banken ikke med Shopify?
Fordi udbetalingen er fratrukket gebyrer og returneringer og ofte dækker flere dage. Afstem via en mellemregningskonto.
Hvad med salg til andre EU-lande?
Over EU’s grænse for fjernsalg skal der som udgangspunkt betales moms i kundens land, typisk via One Stop Shop.
Kilder og faktatjek: Momsloven § 27, stk. 2, nr. 2 (fragt/forsendelse i momsgrundlaget), stk. 3, nr. 2 (rabatter ved leveringen) og stk. 5 (returvarer), LBK nr. 209 af 27/02/2024, retsinformation.dk (tjekket 25/10-2026). Momsloven § 46, stk. 1, nr. 3 og § 16, stk. 1 (omvendt betalingspligt for ydelser fra udenlandske virksomheder), samme LBK (tjekket 25/10-2026). Skattestyrelsen, Den juridiske vejledning D.A.8.1.1.2.4 «Biomkostninger som provision, emballage, forsendelse, forsikring» (info.skat.dk, tjekket 25/10-2026). Skattestyrelsen «Moms ved køb af varer og ydelser i EU» (skat.dk, tjekket 25/10-2026). Skattestyrelsen «Frister for moms» (skat.dk, tjekket 19/10-2026). Shopify Help Center: «Shopify contracting entities», «VAT requirements for Shopify billing in European stores» og «Pay periods and fees» (Reverse charges) (help.shopify.com, tjekket 25/10-2026).
